O Ensino Médio do Colégio Franciscano São José permite aos estudantes potencializar competências e habilidades cognitivas, necessárias à continuidade dos estudos acadêmicos para se tornarem cidadãos conscientes e participativos. Busca atender às expectativas dos estudantes associadas às exigências universitárias para o ingresso com um ensino de excelências nos conteúdos e a formação desses como pessoa, futuro profissional competente e responsável, o que significa desenvolver competências e habilidades para o exercício da cidadania e da vida em sociedade. A esta área de equilíbrio de propostas chamamos de preparo para a vida.
Com um Projeto Pedagógico inovador, fundamentado nos atuais pressupostos sobre Educação e alinhado às propostas nacionais e internacionais sobre ensino e aprendizagem, oferece Base Curricular que contempla todas as áreas do conhecimento, além de realizar orientação para a escolha profissional com acompanhamento em grupos e/ou individual, promovendo o conhecimento a respeito das profissões e do mercado de trabalho por meio do Projeto Opção e visitas às Universidades. Desenvolve também o Projeto Integração que tem como objetivo promover o desenvolvimento da valorização do ser humano por meio de um percurso de respeito à pessoa, à individualidade, sua cultura, etnia, relações familiares e sociais. Preservando e respeitando a identidade dos indivíduos, fortalece-se a solidariedade e a cooperação.
O Colégio Franciscano São José preza por profissionais preparados, dedicados e comprometidos com o sucesso dos estudantes. O resultado do trabalho desenvolvido reflete-se nas aprovações de vestibulares e na qualidade dos egressos como profissionais atuantes na comunidade. Outro diferencial destacado pelos próprios estudantes e famílias são os vínculos e a convivência construída nos anos escolares que se leva para a vida.