Em 1923, três missionárias: a Ir. Maria Bernardina Renn, Julia Popp e Amalia Barrionuevo aportaram a Erechim, com uma mensagem de paz e esperança, tendo a missão de educar crianças e jovens e transmitir os ensinamentos da fé cristã.

     Iniciava, assim, o Colégio que se denominou Colégio São José, por inaugurar suas atividades em 19 de março - dia de São José. Começou com 160 alunos, em uma casa alugada, de madeira, na Rua Osvaldo Aranha. Por necessidade de mais espaço, mudou-se, no ano seguinte, para uma casa residencial na Av. Maurício Cardoso. Em 1927 transferiu-se para uma casa própria, de madeira, onde está até hoje.

     Com o aumento de matrículas, foram se ampliando as instalações e em 1944 foi lançada a pedra fundamental para a construção do novo prédio de alvenaria, o qual foi inaugurado em 1948. Nesse mesmo ano, com o reconhecimento oficial do Curso Ginasial, passou a chamar-se Ginásio São José. Em 1956 foi criada a Escola Normal de 2º Grau, dando um salto ainda maior na qualidade de ensino, passando a ter o nome de Ginásio e Escola Normal São José. A partir de 1971, com a Reforma do Ensino, tornou-se se Centro Educacional São José. Recentemente, para marcar o carisma das irmãs franciscanas passou a denominar-se, COLÉGIO FRANCISCANO SÃO JOSÉ.

     No ano de 1957, anexo ao Colégio, foi fundado o Conservatório de Música "Francisco Manuel da Silva", registrado no Ministério de Educação e Cultura. O Conservatório foi instituição de alto nível, que formou professores/as de música para toda a região e para fora do Estado. Desenvolveu a música e o canto, incentivou Corais e Orfeões, motivando inclusive, motivou a fundação da Escola Municipal de Belas Artes, em Erechim.

     A história do Colégio Franciscano São José teve um trágico marco no dia 5 de setembro de 1963, quando um incêndio devastou todo o prédio. Com o empenho das irmãs franciscanas e generosa colaboração de muitas pessoas, foi possível levantar novamente o prédio e seguir em frente com a atividade educativa.

     No ano de 2001 foi iniciado o Ensino Médio, curso que faz a diferença pela qualidade do ensino e dos professores. Na mesma época, abriu as portas para a EJA - Educação de Jovens e Adultos para pessoas que não haviam concluído o ensino regular de primeiro ou segundo Grau.

     Hoje, o Colégio Franciscano São José conta com uma belíssima estrutura física, um excelente interno e externo, com bons recursos pedagógicos, um moderno Centro Poliesportivo e Cultural, uma funcional e atualizada biblioteca, oferece educação sem fronteiras e uma educação integral que impulsiona a abrir novos caminhos do conhecimento e da ciência, aberto às constantes transformações do mundo, antevendo possibilidades, rompendo barreiras, ampliando o desenvolvimento cognitivo, social e humano.

    Conta com um prédio próprio, moderno, um espaço diferenciado, planejado e apropriado para a Educação Infantil, atendendo crianças de um a cinco anos de idade. Oferece o Ensino Fundamental Anos Iniciais, de 1º ao 5ºano; o Ensino Fundamental Anos Finais, de 6º ao 9º ano, e um Ensino Médio.

     Motivadas por princípios e valores, Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria Auxiliadora, responsáveis pelo Colégio Franciscanos São José, seguem os exemplos de Santa Maria Bernarda Bütler, educando, há quase um século, gerações de crianças e jovens para se tornarem adultos capazes de trilhar seu futuro com sucesso, com compromisso social, amor ao próximo e a Deus.