O Ensino Fundamental Anos Iniciais do Colégio Franciscano São José prima pelo desenvolvimento integral do estudante, desenvolvendo habilidades e competências necessárias para que os aspectos físicos, afetivos, psicológicos, intelectuais e sociais sejam priorizados na formação das crianças, complementando a ação da família e da comunidade.

Com o intuito de desenvolver a capacidade dos estudantes, efetiva uma prática educativa que considera o conhecimento como um processo de construção do sujeito, realizado através da interação com o meio e, que pela sua dinâmica, possa prosseguir sintonizado na continuidade dos estudos em níveis posteriores de escolaridade.

Faz parte do currículo a Língua Estrangeira Moderna Inglesa. Como complementação de sua formação, agrega o currículo a Musicalização e a Computação ( Mind Makers) ministradas por professores e especializados.

O Ensino Fundamental Anos Iniciais possui profissionais qualificados na Orientação Educacional e Psicologia, auxiliando os professores, estudantes e suas famílias no decorrer do processo educativo. Enfim, conta com uma equipe pedagógica competente, atualizada e empenhada em assegurar uma educação de qualidade.